Agronomski fakultet Sveučilišta u Zagrebu u suradnji s Udrugom uzgajivača međimurskog konja – Međimurec je početkom 2009. godine pokrenuo projekt pod nazivom Očuvanje i unapređenje uzgoja međimurskog konja. Obzirom na izrazito malu populaciju konja na području Međimurske županije javila se potreba pokretanja projekta kojemu je osnovni cilj očuvanje pasmine od izumiranja. U sklopu Projekta provode se istraživanja iz slijedećih područja: morfometrija, genetika i povijest međimurskog konja, zatim uzgoj i selekcija, zaštita zdravlja i reprodukcija.

Projekt je multidisciplinaran i uključuje rad stručnjaka Agronomskog i Veterinarskog fakulteta, te Hrvatskog centra za konjogojstvo - Državna ergela Lipik. Pored istraživanja povijesti (morfometrija, genetika) cilj Projekta je uspostaviti trajni nadzor nad populacijom međimurskih konja odnosno praćenje zdravlja i reprodukcije u zemaljskom uzgoju.