Study programme

Struktura i analiza animalnog genoma (116380)

ECTS 6.00
English language R1
E-learning R12
Teaching hours 60
Lectures 32
Laboratory exercises 20
Seminar 8
Lecturer
Assoc. Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD
Prof. Ino Čurik, PhD
Assist. Prof. Maja Ferenčaković, PhD
Dinko Novosel, PhD
Associate teacher for exercises
Assoc. Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD
Assist. Prof. Maja Ferenčaković, PhD
Vladimir Brajković, PhD
Associate teacher for seminars
Assist. Prof. Dragica Šalamon, PhD
Grading
Sufficient (2) 61-70%
Good (3) 71-80%
Very good (4) 81-91%
Excellent (5) 92-100%
Conditions for obtaining signature
prisustvo u nastavi >80%

Course coordinator

Assoc. Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD
Assoc. Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD

Course description

Nagli razvoj metoda određivanja nukleotidnih sljedova (sekvenciranja) cijelih genoma kod domaćih životinja dao je doprinos naglom razvoju metoda uzgoja i selekcije domaćih životinja. Klasična selekcija odabira najboljih jedinki za daljnji uzgoj zamijenjena je izračunavanjem genomske uzgojne vrijednosti. Kako bi studenti mogli pratiti module vezane uz izračune i procijene genomske uzgojne vrijednosti nužno je poznavati osnovne strukture animalnog genoma. Animalni genom je veličine c.3 Gb i njegovi kodirani dijelovi sudjeluju u ekspresiji svojstava važnih u proizvodnji i za zdravlje domaćih životinja. Predavanja ovog modula će biti usredotočena na razumijevanje osnova strukture animalnog genoma. Objasnit će se pojmovi kodiranog i nekodiranog dijela genoma. Razmotriti će se uloga nekodiranih dijelova genoma te uloga ponavljajućih sljedova te njihova zastupljenost kod različitih vrsta domaćih životinja . Predavanja će biti ujedno i teoretski uvod u određene vježbe. Predviđene metode obuhvatit će sve manipulacije s DNA, ekstrakcije ukupne DNA iz različitih materijala (tkivo, krv, sjeme, dlaka,..). Također će biti naglašena važnost molekularnih metoda (RFLP, SSCP, PCR, Real-Time PCR) u analizama genoma domaćih životinja. Studentima će se objasniti osnovni principi određivanja nukleotidnih sljedova (sekvenciranje) putem Sangerove metode te sekvencera II. i III. generacije (deep sequencing) sa primjenom u analizama genoma domaćih životinja. Polaganje ispita provodi se pismeno.

Type of course

General competences

Sadržaj modula osposobljava studente da steknu teorijska znanja iz strukture i analize genoma životinja te da kritički i kreativno razmišljaju o prioritetima u modernom uzgoju životinja te donose zaključke o proučavanju i praćenju populacija njihovih divljih srodnika. Teorijska i praktična znanja u analizama genoma životinja su temelj razumijevanja uzgoja i oplemenjivanja životinja.

Types of instruction

  • Laboratorijske vježbe
    izvode se u laboratoriju i baziraju se na ekstrakcijama DNA i laboratorijskim analizama molekularnih biljega odnosno određivanju slijeda nukleotida (u skupinama od 10 studenata) Studenti samostalno izrađuju i prezentiraju svatko svoj seminar vezan uz odabir vrste životinja i analize i strukture genoma vezanih za tu vrstu.
  • Predavanja
    audiovizualna metoda

Learning outcomes

Learning outcome Evaluation methods
primjenu znanja strukture i analize genoma i primjena takvih znanja u oplemenjivanju životinja pismeni ispit, usmeni ispit
neophodnu povezanost analiza genoma sa suvremenim uzgojem životinja te praćenjem populacija divljih srodnika domaćih životinja pismeni ispit, usmeni ispit
važnost primjene znanja strukture i analize genoma u uzgoju i selekciji životinja pismeni ispit, usmeni ispit
isplanirati redoslijed laboratorijskih aktivnosti i važnost u analizama populacija domaćih životinja i njihovih divljih srodnika pismeni ispit, usmeni ispit
pripremiti osnovne laboratorijske vježbe u analizi genoma usmeni ispit
pripremiti izvještaj provođenja laboratorijskih vježbi usmeni ispit
prezentirati rezultate aktivnosti na predavanjima i laboratorijskim vježbama usmeni ispit
opisati dobivene rezultate te njihovu važnost u daljnjoj upotrebi suvremenog uzgoja životinja odnosno praćenju populacija divljih srodnika usmeni ispit

Working methods

Teachers' obligations

redovito održavanje nastave i konzultacija

Students' obligations

redovito pohađanje nastave

Methods of grading

Evaluation elements Maximum points or Share in evaluation Grade rating scale Grade Direct teaching hours Total number of average student workload ECTS
pismeni ispit 90% 0-60%
61-70%
71-80%
81-91%
92-100%
Insufficient (1)
Sufficient (2)
Good (3)
Very good (4)
Excellent (5)
50 150 5
usmeni ispit, seminar 10% 0-60%
61-70%
71-80%
81-91%
92-100%
Insufficient (1)
Sufficient (2)
Good (3)
Very good (4)
Excellent (5)
10 30 1
Ukupno 100% 60 180 6
Evaluation elements Description Deadline Recoupment
pismeni ispit gradivo cijelog semestra redovni rok
usmeni ispit, seminar sinteza gradiva cijelog semestra, seminar redovni rok

Weekly class schedule

  1. Veličina i kompleksnosti animalnog genoma (Usporedba veličina različitih genoma te njihova kompleksnost u odnosu na veličinu). P
  2. Osnovna struktura prokariotskog genoma (Veličina i struktura prokariotskih genoma s naglaskom na mikroorganizme koji su u biološkoj vezi sa domaćim životinjama ) P
  3. Osnovna struktura eukariotskog genoma (Osnovna struktura eukariotskog genoma s naglaskom na genomu sisavaca, odnosno domaćih životinja) P
  4. Organelna DNA –mitogenom (Opis organelne DNA u odnosu na nuklearnu te detaljna struktura mitogenoma.) P
  5. Metode ekstrakcije DNA (Primjena i načini ekstrakcije DNA iz izvora animalnog porijekla.) P+L
  6. Lančana reakcija polimerazom (Lančana reakcija polimerazom, osnovni principi umnažanja, varijacije osnovne PCR-tehnike i primjena.) P+L
  7. Metode određivanja nukleotidnih sljedova I. generacije (Povijesni pregled metoda sekvenciranja )P/1. pisana provjera
  8. Metode određivanja nukleotidnih sljedova II. generacije (Opis metoda sekvenciranja pomoću tehnologije II. generacije.) P
  9. Metode određivanja nukleotidnih sljedova III. generacije (Opis najnovijih metoda sekvenciranja te usporedbe različitih instrumenata i principa sekvenciranja ovisno o željenim rezultatima ) P
  10. Analiza podataka dobivenih metodama next gene sequencing; (poravnavanje genoma) (Uvod u obradu genoma dobivenih metodama najnovijih metoda sekvenciranja) L,
  11. Analiza podataka dobivenih metodama next gene sequencing; (SNP podaci) (Primjena programa za obradu NGS podataka, čišćenje sirovih podataka te priprema baza za daljnju obradu) L,
  12. Analiza podataka dobivenih metodama next gene sequencing; (tumačenje rezultata) (Verifikacija rezultata NGS dobivenih primjenom različitih programa te tumačenje obrađenih podataka) L
  13. Komparativno pretraživanje baza podataka animalnih genoma (Ulazak u različite svjetske baze podataka za komparativne analize različitih genoma) L
  14. Seminarski radovi studenata (Rasprava prema dodijeljenim seminarskim radovima uz power point prezentacije studenata podijeljenih u radne skupine (ocjena će ulaziti u konačni prosjek ocjene).S
  15. Seminarski radovi studenata (Rasprava prema dodijeljenim seminarskim radovima uz power point prezentacije studenata podijeljenih u radne skupine (ocjena će ulaziti u konačni prosjek ocjene) S/2. Pisana provjera

Obligatory literature

  1. Prezentacije predavanja (200 slide-ova), autor Vlatka Čubrić Čurik
  2. Metode u molekularnoj biologiji / Ambriović Ristov, Andreja; Brozović, Anamaria; Bruvo Mađarić, Branka; Ćetković, Helena; Herak Bosnar, Maja; Hranilović, Dubravka; Katušić Hećimović, Silva; Meštrović Radan, Nevenka; Mihaljević, Snježana; Slade, Neda; Vujaklija, Dušica (ur.).
    Zagreb : Institut Ruđer Bošković, 2007

Recommended literature

  1. Introduction to genetic analysis. AF Griffiths, SR Wessler, RC Lewontin, WM Gelbart, DT Suzuki, JH Miller. ED.W.H.Freeman and Company, NY, 2005
  2. A laboratory manual, ED.Cold Spring Harbour Press, NY. Sammbrook, J, D. Russel, 2001

Similar course at related universities

  • Sadržaj predmeta tematski se poklapa sa srodnim predmetima na EU Sveučilištima, kao i Sveučilištima Izraela, Kanade, Australije, Novog Zelanda i SAD-a.