Study programme

Varijabilnost Y kromosoma i mtDNA (144444)

ECTS 6.00
English language R1
E-learning R12
Teaching hours 60
Lectures 42
Laboratory exercises 14
Seminar 4
Lecturer
Assoc. Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD
Prof. Ino Čurik, PhD
Dinko Novosel, PhD
Associate teacher for exercises
Assoc. Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD
Assist. Prof. Maja Ferenčaković, PhD
Vladimir Brajković, PhD
Dinko Novosel, PhD
Grading
Sufficient (2) 61-70%
Good (3) 71-80%
Very good (4) 81-91%
Excellent (5) 92-100%
Conditions for obtaining signature
redovito pohađanje nastave >80%

Course coordinator

Assoc. Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD
Assoc. Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD

Course description

Varijabilnost Y kromosoma i mtDNA je modul koji uvodi studente u detaljnije analize molekularnih biljega kao alata za analize populacijskih i fileogeografskih odnosa unutar domaćih životinja i njihovih divljih srodnika. Program modula Varijabilnost Y kromosoma i mtDNA omogućuje studentima stjecanje temeljnih teorijskih i praktičnih znanja iz varijabilnosti genoma neophodne za daljnji studij i praćenje nastave. Korištenjem audiovizualnih metoda predavanja provest će se studenti kroz poglavlja: 1. Osnove varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA i primjena u oplemenjivanju životinja neophodne za razvoj selekcije i oplemenjivanja. Studenti će dobiti uvid u teorijske osnove varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA. 2. Molekularne metode u analizama DNA, odnosno molekularnih biljega. Studenti će dobiti uvid u primjenu molekularnih metoda potrebnih za analizu i razumijevanje varijabilnosti genoma životinja te odabir molekularnih biljega (Y kromosoma i mtDNA) i primjena tih biljega u molekularno-genetskim analizama u svrhu oplemenjivanja i selekcije životinja. 3. Neolitizacija i prvi domestikacijski procesi domaćih životinja u prapovijesti u odnosu na današnje stanje. 4. Laboratorijske vježbe omogućuju studentima praktičan i samostalan rad u savladavanju osnovnih metoda varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA koje obuhvaćaju ekstrakcije DNA, lančanu reakciju polimerazom te određivanje slijeda nukleotida odabranog molekularnog biljega te njegovu primjenu u daljnjim analizama genoma životinja. Upotreba software-a MEGA, DNAsp, Network, Arlequin za opisivanje populacija. Polaganje ispita provodi se usmeno.

Type of course

General competences

Sadržaj modula osposobljava studente kritički i kreativno razmišljati koji su prioriteti ui modernom uzgoju životinja te praćenju populacija njihovih divljih srodnika. Teorijska i praktična znanja u analizama Y kromosoma i mtDNA su temelj razumijevanja uzgoja i oplemenjivanja životinja.

Types of instruction

  • Laboratorijske vježbe
    Izvode se u laboratoriju i baziraju se na ekstrakcijama DNA i laboratorijskim analizama molekularnih biljega odnosno određivanju slijeda nukleotida (u skupinama od 5 studenata) te obradom dobivenih sljedova mtDNA i Y kromosoma u programima MEGA, DNAsp, Network.
  • Predavanja
    Audiovizualna metoda.
  • Seminari
    Obuhvaćaju saznanja o molekularnim biljezima Y kromosoma i mtDNA i njihovoj primjeni u analizama genoma životinja. Studenti samostalno izrađuju i prezentiraju svatko svoj seminar vezan uz odabir vrste životinja i domestikacijske procese vezane za tu vrstu.

Learning outcomes

Learning outcome Evaluation methods
objasniti primjenu znanja varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA, analize genoma, odnosno molekularnih biljega za uspješno oplemenjivanje životinja, odnosno praćenje populacija divljih srodnika, usmeno
objasniti neophodnu povezanost genetskih analiza sa suvremenim uzgojem životinja te praćenjem populacija divljih srodnika domaćih životinja, usmeno
znati važnost primjene varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA, odnosno molekularnih biljega u uzgoju i selekciji životinja, usmeno
isplanirati redoslijed laboratorijskih aktivnosti i važnost u opisivanju populacija domaćih životinja i njihovih divljih srodnika, usmeno
pripremiti osnovne laboratorijske vježbe u analizi molekularnih biljega, usmeno
pripremiti izvještaj provođenja laboratorijskih vježbi, usmeno
prezentirati rezultate aktivnosti na predavanjima i laboratorijskim vježbama, usmeno
opisati dobivene rezultate te njihovu važnost u daljnjoj upotrebi suvremenog uzgoja životinja odnosno praćenju populacija divljih srodnika. usmeno

Working methods

Teachers' obligations

redovito održavanje nastave

Students' obligations

redovito pohađanje nastve i polaganje ispita

Methods of grading

Evaluation elements Maximum points or Share in evaluation Grade rating scale Grade Direct teaching hours Total number of average student workload ECTS
svladavanje gradiva 100% 0-60%
61-70%
71-80%
81-91%
92-100%
Insufficient (1)
Sufficient (2)
Good (3)
Very good (4)
Excellent (5)
60 180 6
Evaluation elements Description Deadline Recoupment
svladavanje gradiva svladavanje gradiva usmeno redoviti

Weekly class schedule

  1. Uvod u varijabilnost Y kromosoma i mtDNA P
  2. Osnove varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA P
  3. Haplogrupe i haplotipovi P
  4. Analiza populacija životinja putem Y kromosoma i mtDNA P
  5. Metode Sangerovog sekvenciranja i ,analiza genetskih varijacija P, S
  6. Metode sekvenciranja, 2. i 3. generacije i analiza genetskih varijacija P, S
  7. Domestikacijski procesi/međuispiit (usmeni 1) P
  8. Domestikacijski procesi – govedo, koza, ovca P
  9. Domestikacijski procesi – svinja, konj, pas P
  10. Obrada molekularnih biljega Y kromosoma L
  11. Obrada molekularnih biljega –mtDNA L
  12. Domestikacija različitih vrsta domaćih životinja u prapovijesti S
  13. Prikupljanje materijala za analize L
  14. Obrada podataka pomoću MEGA programa-poravnavanje slijedova L
  15. Obrada podataka pomoću DNAsp i Network programa L/međuispit (usmeni2)

Obligatory literature

  1. Prezentacije predavanja (200 slide-ova), autor Vlatka Čubrić Čurik
  2. Ambriović Ristov Andrea , …et al. (2007). Metode u molekularnoj biologiji . Zagreb: Institut Ruđer Bošković.

Recommended literature

  1. Griffiths, A. F., …et al. (2005). Introduction to genetic analysis. New York: Freeman and Company.
  2. Sammbrook, J., Russel, D.W. (2001). Molecular Cloning: a laboratory manual. New York: Cold Spring Harbour Laboratory Press.

Similar course at related universities

  • Sadržaj predmeta tematski se poklapa s više od 80% srodnih predmeta na EU Sveučilištima, kao i Sveučilištima Izraela, Kanade, Australije, Novog Zelanda i SAD-a.