Study programme

Mikrobna raznolikost prirodnih i antropogenih ekoloških sustava (144082)

ECTS 6.00
English language R1
E-learning R1
Teaching hours 60
Lectures 42
Laboratory exercises 6
Seminar 12
Lecturer
Prof. Sanja Sikora, PhD
Prof. Mihaela Blažinkov, PhD
Assoc. Prof. Mirna Mrkonjić Fuka, PhD
Assist. Prof. Sunčica Bosak, PhD
Assist. Prof. Marija Gligora Udovič, PhD
Assist. Prof. Nataša Hulak, PhD
Associate teacher for exercises
Sanja Kajić, mag. mol. biol.
Ivana Rajnović, PhD
Irina Tanuwidjaja, mag. ing. agr.
Associate teacher for seminars
Prof. Sanja Sikora, PhD
Sanja Kajić, mag. mol. biol.
Ivana Rajnović, PhD
Grading
Sufficient (2) 60-70%
Good (3) 71-80%
Very good (4) 81-90%
Excellent (5) 91-100%

Course coordinator

Prof. Sanja Sikora, PhD
Prof. Sanja Sikora, PhD

Course description

Raznolikost mikrobnog svijeta, Taksonomske skupine mikroorganizama i njihove glavne morfološke i fiziološke karakteristike, Klasifikacija i nomenklatura mikroorganizama, Značaj proučavanja bioraznolikosti prirodnih i antropogenih sredina, Mikroorganizmi u hidrosferi, pedosferi, atmosferi i biosferi; Metode u identifikaciji mikroorganizama, Genetska raznolikost prirodnih populacija , Izolacija i identifikacija autohtonih sojeva; Utjecaj pedoloških karakteristika na strukturu mikrobnih zajednica, Metode za procjenu bioraznolikosti, mikrobne biomase i mikrobne aktivnosti u tlu; Uloga bioraznolikosti u kruženju hranjiva i plodnosti tla, inhibiciji nepoželjnih organizama, degradaciji i detoksifikaciji štetnih kemikalija. Različiti agrotehnički zahvati u funkciji povećanja mikrobne raznolikosti poljoprivrednih tala; Struktura mikrobnih zajednica u rizosferi, Populacijska dinamika i interakcije u rizosferi, Mikrobni metaboliti u rizosferi.

Type of course

General competences

Predmet upoznaje studente sa najvažnijim aspektima sistematike i taksonomije mikroorganizama te suvremenim koncepcijama u proučavanju mikrobnog biodiverziteta u različitim ekološkim sredinama. Nakon odslušanog predmeta studenti će dobiti neophodna teorijska znanja i biti osposobljeni da integriraju i praktično primjene stečena znanja u istraživanjima u agroekologiji koja se odnose na očuvanje mikrobnog biodiverziteta i njegovog iskorištavanja u poljoprivredi i naročito u podizanju razine plodnosti tala.

Types of instruction

  • Laboratorijske vježbe
    Laboratorijske provode se u manjim skupinama kako bi se svakom studentu omogućilo sudjelovanje u praktičnom radu vezanim uz svladavanja određenih konvencionalnih i molekularnih metoda koje se koriste za izolaciju, identifikaciju mikroorganizama u prirodnim sredinama te utvrđivanja genetske raznolikosti u prirodnim populacijama.
  • Pokusi na predavanjima
  • Predavanja
  • Seminari
    Skupine (3 studenta) samostalno izrađuju i prezentiraju predavanje iz pojedinih programskih dijelova modula koje najčešće tematski je povezano sa novim spoznajama iz ovoga područja ili specifičnim agroekološkim uvjetima. Na ovaj način potiče se timski rad, provjerava sposobnost pronalaženja odgovarajućih referenci i njihovog kritičkog vrednovanja kao i razvoj komunikacijskih vještina.

Learning outcomes

Learning outcome Evaluation methods
razumjeti značaj proučavanja i očuvanja prirodne mikrobne raznolikosti različitih prirodnih i antropogenih sredina Aktivno sudjelovanje u raspravama tijekom nastave, seminarski rad, pismeni i usmeni ispit
objasniti postupke i metode koje se koriste za identifikaciju mikroorganizama izoliranih iz prirodnih sredina kao i za proučavanje genetske raznolikosti prirodnih populacija bakterija i gljiva Aktivno sudjelovanje u raspravama tijekom nastave, seminarski rad, pismeni i usmeni ispit
navesti i objasniti glavne taksonomske skupine mikroorganizama Aktivno sudjelovanje u raspravama tijekom nastave, seminarski rad, pismeni i usmeni ispit
razumjeti i objasniti utjecaj ekoloških uvjeta na strukturu mikrobnih zajednica u tlu Aktivno sudjelovanje u raspravama tijekom nastave, seminarski rad, pismeni i usmeni ispit
preporučiti određene agrotehničke zahvate u funkciji povećanja mikrobne raznolikosti poljoprivrednih tala Aktivno sudjelovanje u raspravama tijekom nastave, seminarski rad, pismeni i usmeni ispit

Working methods

Teachers' obligations

Održavanje predavanja, priprema tema i materijala studentima za izradu seminarskog rada, organizacija izlaganja seminarskih radova, individualne konzultacije vezane uz seminarski rad, organizacija i izvedba laboratorijskih vježbi, evidencija prisutnosti studenata na predavanjima i vježbama, praćenje aktivnosti studenata tijekom predavanja, seminara i vježbi, priprema nastavnih materijala (predavanja i vježbe) studentima, konzultacije, organiziranje i održavanje pismenih i usmenih provjera znanja tijekom semestra i ispitnih rokova

Students' obligations

Prisutnost na predavanjima i vježbama, izrada pisanog seminarskog rada na osnovu predloženih tema, usmeno izlaganje seminarskog rada, polaganje ispita tijekom semestra ili u ispitnim rokovima

Methods of grading

Evaluation elements Maximum points or Share in evaluation Grade rating scale Grade Direct teaching hours Total number of average student workload ECTS
Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje na nastavi Korektivni bodovi 46 46 1
Seminarski rad (ocjena vještine pisanja i izlaganja) 20 procjena nastavnika
procjena nastavnika
procjena nastavnika
procjena nastavnika
Sufficient (2)
Good (3)
Very good (4)
Excellent (5)
12 30 1
Test znanja 1 (T1) 20 60-70%
71-80%
81-90%
91-100%
Sufficient (2)
Good (3)
Very good (4)
Excellent (5)
1 35 1,5
Test znanja 2 (T2) 20 60-70%
71-80%
81-90%
91-100%
Sufficient (2)
Good (3)
Very good (4)
Excellent (5)
1 35 1,5
Ispitni rok *Usmeni 40 60-70%
71-80%
81-90%
91-100%
Sufficient (2)
Good (3)
Very good (4)
Excellent (5)
34 1
UKUPNO 100% 60 180 6
Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje na nastavi korektivni bodovi 46 46 1
Seminarski rad (ocjena vještine pisanja i izlaganja) 20% procjena nastavnika
procjena nastavnika
procjena nastavnika
procjena nastavnika
Sufficient (2)
Good (3)
Very good (4)
Excellent (5)
12 30 1
Ispitni rok **Pisani/usmeni 80% 60-70%
71-80%
81-90%
91-100%
Sufficient (2)
Good (3)
Very good (4)
Excellent (5)
2 104 4
Ukupno 100% 60 180 6
Evaluation elements Description Deadline Recoupment
Test znanja 1 (T1) Pismenim putem provjerava se prvi programski dio modula. tijekom semestra ispitni rokovi
Test znanja 2 (T2) Drugom testu znanja mogu pristupiti studenti koji su položili prvi test. tijekom semestra ispitni rokovi
Ispitni rok *Usmeni Studenti koji su uspješno položili oba testa znanja (odnosno pismeni dio ispita) mogu pristupiti usmenom dijelu ispita. ispitni rokovi
Ispitni rok **Pisani/usmeni Ukoliko student ne položi testove znanja tijekom semestra , cjelokupno gradivo polaže pismenim te nakom toga usmenim putem. ispitni rokovi

Weekly class schedule

  1. značaj mikrobne raznolikosti- definicija bioraznolikosti, razine bioraznolikosti, tlo kao rezervoar bioraznolikosti, vrijednost bioraznolikosti tla, ugroženost bioraznolikosti tla- najveće prijetnje, europska politika-uloga EU u razumijevanju i zaštiti bioraznolikosti tla
  2. uvod u sistematiku mikroorganizama, povezanost sa srodnim disciplinama- klasifikacija, taksonomija, nomenklatura mikroorganizama;taksonomske kategorije,praktični značaj taksonomije, identifikacija nepoznatih mikroorganizama, prokariotski i eukariotski mikroorganizmi
  3. sistematika prokariota-proteobakterije- alfa-proteobakterije- najznačajniji predstavnici i njihove glavne karakteristike te njihov značaj u poljoprivredi i zaštiti okoliša
  4. beta, gama i delta proteobakterije – karakteristike, značaj i primjena
  5. arhebakterije- sistematika, karakteristike, značaj
  6. sistematika eukariota
  7. mikrobna raznolikost različitih prirodnih sredina- prirodna raznolikost rizobija u različitim tipovima tala
  8. raznolikost kvasaca
  9. raznolikost bakterija mliječne kiseline
  10. mikrobna raznolikost u hidrosferi /limnološka i marinska mikrobiologija/, atmosferi i biosferi
  11. mikrobna raznolikost u pedosferi; metode za procjenu bioraznolikosti i mikrobne aktivnosti u tlu, enzimatska raznolikost u tlu
  12. metode u proučavanju genetska raznolikosti i sastava prirodnih populacija
  13. mikrobiologija rizosfere- struktura mikrobnih zajednica u rizosferi, populacijska dinamika i interakcije u rizosferi, mikrobni metaboliti
  14. mikrobna raznolikost kao indikator kvalitete poljoprivrednih tala
  15. ekološka uloga bioraznolikosti u agroekosustavu - Uloga bioraznolikosti u kruženju hranjiva i plodnosti tla, inhibiciji nepoželjnih organizama,degradaciji i detoksifikaciji štetnih kemikalija. Različiti agrotehnički zahvati u funkciji povećanja mikrobne raznolikosti poljoprivrednih tala

Obligatory literature

  1. K. Pawlowski. Prokaryotic Symbionts in Plants, Springer 2009
  2. Collins, W.C., Qualset, C.O. (1999). Biodiversity in Agroecossytems. CRC Press.
  3. Lynch, J.M.: (1990). The rhizosphere. John Wiley & Sons.
  4. Sylvia D. M., Fuhrmann ,J .J., Hartel, P.G., Zuberer, D.A. (1999). Principles and Applications of Soil Microbiology. Prentice Hall, Inc.

Recommended literature

  1. Killlham, K. (1995). Soil Ecology.Cambridge University Press.
  2. Rosa, C.A. , Peter, G. (2005). Biodiversity and Ecophysiology of Yeasts. Springer.