Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

Obrana doktorskog rada :: Mateja Janeš, mag.ing.agr

Datum održavanja:

Genetska varijabilnost kraškog ovčara, tornjaka, šarplaninca i tibetskoga terijera
23.07.2020. :: 10:00 sati :: online

Javna obrana održat će se putem online aplikacije Zoom (https://zoom.us/), a biti će dostupna 23.07. od 09:50 sati na: https://us02web.zoom.us/j/81185735520

Mentor doktorskog rada:

  • izv. prof. dr. sc. Vlatka Čubrić Čurik
  • prof. dr. sc. Peter Dovč

Povjerenstvo za obranu doktorskog rada:

  • prof. dr. sc. Ino Čurik
  • izv. prof. dr. sc. Gregor Gorjanc
  • doc. Dr. sc. Boris Lukić

Sažetak

Psi kao atraktivni genetski model pokazuju impresivne međupasminske varijacije i visok stupanj pasminske homogenosti, a karakterizira ih značajan stupanj inbridinga i fiksiranja fenotipskih osobina. Određene pasmine uzgojene su na istom lokalitetu sa sličnim ciljevima te dijele zajedničku genetsku pozadinu. U ovom doktorskom radu analizirana je genetska struktura pastirskih pasmina pasa (LGD) s fokusom na tornjaka, šarplaninca i kraškog ovčara. Kao primjer pasmine s ekstremno „uskim grlom“ proučavane su linije tibetskog terijera osnovane u zapadnom svijetu i uzorci populacije izvornih tibetskih terijera. Za potrebe ove doktorske disertacije uzorkovano je 50 tornjaka, 50 šarplaninaca, 200 kraških ovčara i 64 tibetska terijera. Genealoške informacije o tornjaku i kraškom ovčaru izračunate su pomoću programa MaGelLAn 1.0. Ispitano je 18 mikrosatelitnih lokusa koje je predložilo Međunarodno društvo za genetiku životinja (ISAG) na ukupno 101 uzorku. Za određivanje genetske varijabilnosti kontrolne regije mitohondrijske DNA (CR mtDNA) analizirali smo ukupno 400 CR-a mtDNA. Uzorci 12 kraških ovčara, 12 šarplaninaca, 24 tornjaka i 24 tibetska terijera genotipizirani su nizom Illumina CanineHD BeadChip. Za daljnju analizu ukupno smo dodali 577 uzoraka od 46 pasmina i 10 uzoraka sivog vuka iz javno dostupnih baza podataka. Filogenetski odnosi analizirani su korištenjem mreže NeighborNet temeljene na Nei udaljenosti pomoću softvera SplitsTree4. Uzorci rascjepa i mješavina otkriveni su korištenjem softvera Treemix. Za ispitivanje strukture populacije iz podataka SNP čipa i mikrosatelita korištena je metoda grupiranja utemeljena modelom STRUCTURE. Nizovi homozigotnosti (ROH) identificirani su koristeći SNP & Variation Suite v8.8.3. Rezultati genetske varijabilnosti kraškog ovčara, šarplaninca i tornjaka pokazuju da su to tri jasno odijeljene pasmine koje pripadaju u grupu pastirskih pasa. Tornjaci su bliže srodni šarplanincima, dok su kraški ovčari nešto bliži njemačkom ovčaru. Tornjaka i šarplaninca karakterizira nizak stupanj i dugih i kratkih ROH-ova, dok kraški ovčar ima nešto viši stupanj. Rezultati tibetskih terijera otkrivaju značajnu razliku u genetskoj varijabilnosti između izvorne populacije tibetskog terijera i njegove zapadne populacije te su tibetski terijeri bliže srodni malim tibetskim pasminama pasa nego drugim terijerima. Izvornu populaciju tibetskog terijera karakterizira nizak stupanj, dok zapadna populacija ima znatno viši stupanj dugog ROH-a, a niska razina inbridinga izvornih tibetskih terijera rezultat je veće efektivne veličine populacije u usporedbi s njihovom zapadnom populacijom. Znanstveni doprinos je bolje razumijevanje genetskih struktura pasmina pasa malih efektivnih veličina, u svrhu poboljšanja uzgojno-selekcijskog rada kinoloških organizacija.

Ključne riječi: molekularni biljezi, genetska varijabilnost, filogenetika, struktura populacije, niz homozigotnosti, pas, kraški ovčar, šarplaninac, tornjak, tibetski terijer