Odgovor na inovacije u fenomici i genomici u oplemenjivanju mliječnih goveda

Acronym: PhenoGeno

Competition title: HRZZ Istraživački projekti

Funding: Croatian science foundation

AFZ role: coordinator

Total value: €197,989.25

Funded amount: €197,989.25

Contract No: IP-2022-10-6914

Start date: 2023/12/29

End date: 2027/12/28

Web: https://angen.agr.hr/hr/group/118/O+projektu

Primjena novih pristupa fenotipizaciji, napredna genotipizacija (genotipizacija visoke propusnosti na razini cijelog genoma, SNP nizovi) te genomski i statistički razvoj (genomska selekcija i one-step GBLUP) doveli su do ubrzanog genetičkog napretka u svim zemljama u razvoju mljekarstva. To vrijedi i za druga područja uzgoja životinja. Nažalost, Hrvatska je tek umjereno odgovorila na nova zbivanja, a naši uzgojni programi trenutačno uključuju samo relativno mali broj genotipiziranih krava i bikova na razini genoma. Istodobno, broj genotipiziranih životinja u razvijenim zemljama prelazi 100 000 životinja (> 300 000 goveda SNP-a u Austriji). Stoga smo odlučili predložiti moderan projekt u kojem ćemo razviti uzoran inovativni uzgojni program (s GWAS-om i procjenom genomskih parametara hrvatske holstein pasmine) koristeći najnovija tehnološka dostignuća u fenomici i genomici. U našem prijedlogu odlučili smo otići korak dalje od SNP nizova koji se danas rutinski koriste i temeljiti našu strategiju genotipizacije na najnovijoj mogućnosti (niskopropusno sekvenciranje cijelog genoma, lpWGS), jer bi to mogla biti najbolja strategija u našim relativno malim populacijama . Istodobno, naša napredna strategija fenotipizacije bila je usmjerena na uvođenje velikih mjerenja svojstava zgrušavanja mlijeka izvedenih iz FTIR spektra, budući da bi razvoj proizvodnje sira, kao u sjevernoj Italiji, mogao biti dobra strategija za hrvatski mljekarski sektor. Dok naš projekt ima vrlo snažnu primjenjivu komponentu, također smo ponudili niz analiza testirajući učinke zanemarenog nasljeđivanja, točnije učinke kromosoma i mito-nuklearnih interakcija na kvantitativne osobine (uključujući štetne aspekte), koje su prilično nove i revolucionarne hipoteze za uzgoj životinja, ali i za evolucijsku genetiku. Jedan mali aspekt projekta je ''igranje'' (eksperimentiranje) s detekcijom mikrobiote mlijeka iz lpWGS datoteka (FASTAq).

PhD. H Ino Čurik
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Zvonimir Mijadžiković, MSc. agr.
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Mario Shihabi, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Assoc. Prof. Nataša Mikulec, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Prof. Neven Antunac, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Ivana Držaić, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Asst. Prof. Vladimir Brajković, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Assoc. Prof. Maja Ferenčaković, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture