Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

Primjena NGS metoda u procjeni genomske varijabilnosti preživača

Akronim: ANAGRAMS

Naziv natječaja: IP 2018-01

Izvor financiranja: Hrvatska zaklada za znanost

Ukupna vrijednost: 996 500,00 HRK

Financirani iznos: 996 500,00 HRK

Početak provedbe: 12. 01. 2018.

Završetak provedbe: 30. 11. 2022.

Sažetak

Izuzetno brz razvoj metode slijedeće-generacije sekvenciranja (NGS) i računalnih kapaciteta otvorili su nove mogućnosti u različitim znanstvenim područjima (humanoj i veterinarskoj medicini, poljoprivredi, šumarstvu, ekologiji, računalnoj znanosti, pa čak i arheologiji). Uspješna primjena NGS-a i njegova upotreba u različitim discplinama snažno ovisi o stručnosti na nekoliko područja. Ovdje smo okupili stručnjake iz molekularne genetike, populacijske genomike, uzgoja životinja, računalnih znanosti i arheologije kako bismo odgovorili na nekoliko tema vezanih uz konzervacijsku genomiku (efektivnu veličinu populacije, inbreeding i štetno opterećenje genoma) i genomsku biološku raznolikost (izmješanost i poulacijska struktura) preživača. Također ćemo analizirati drevne kosti (>3000 godina) goveđih, kozjih i ovčjih jedinki kako bismo poboljšali naše razumijevanje genomskih promjena u postupku domestikacije (filogeneza mitogenoma). Naš projektni prijedlog ima snažnu komponentu teorijskih dostignuća za procjenu inbreedinga, efektivne veličine populacije i pojedinačnog umješavanja analiziranih računalnim simulacijama (sve oponašaju sekvence). Osim toga, NGS analiza (visoko propusni SNP beadchip i sekvence cijelkupnog genoma) izvoditi će se na nekoliko autohtonih pasmina (goveda, koza i ovaca) sa slijedećim ciljevima; (i) osigurati “genomsko pozicioniranje” hrvatskih pasmina među ostalim svjetskim pasminama, (ii) pružiti procjenu statusa konzervacije hrvatskih pasmina (razina inbreedinga, veličinu efektivne populacije, štetno opterećenje i genetsku raznolikost) i (iii) identificirati genomsku jedinstvenost (genomske regije) koje su specifične za hrvatske autohtone pasmine. Dobiveni rezultati pružit će temelj za buduće upravljanje očuvanjem pasmina. Primjena NGS-a ima snažan potencijalni ekonomski učinak na društvo u budućnosti. Zbog toga ćemo organizrati otvoreni tečaj “Genomika za zaštitu životinja”, napisat nekoliko popularizirajućih članaka i educirati doktorande.

Voditelji

izv. prof. dr. sc. Vlatka Čubrić Čurik
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

Suradnici

doc. dr. sc. Dragica Šalamon
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

dr. sc. Bruna Tariba
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

dr. sc. Dinko Novosel
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

doc. dr. sc. Maja Ferenčaković
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

prof. dr. sc. Ino Čurik
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

Vladimir Brajković, mag. ing. agr.
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet