Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

Napredni deterministički i hibridni algoritmi na nizovima, sljedovima i stablima s primjenama u tehničkim znanostima i znanostima o životu

Akronim: ALGSEQ18

Naziv natječaja: HRZZ IP 2018-01

Izvor financiranja: Hrvatska zaklada za znanost

Ukupna vrijednost: 845 000,00 HRK

Financirani iznos: 845 000,00 HRK

Početak provedbe: 01. 10. 2018.

Završetak provedbe: 30. 09. 2022.

Sažetak

Deterministički kombinatorni algoritmi na nizovima i sljedovima temeljni su dio u rješenjima mnogih računarskih problema u tehničkim znanostima i znanostima o životu. U tehničkim znanostima radi se o sažimanju, pohrani, te pretrazi i dohvatu podataka. U znanostima o životu ti se postupci specifično primjenjuju na velike količine podataka o biološkim sekvencama. U novije vrijeme, veliko povećanje raspoloživih podataka (big data) stvorilo je potrebu za novim rješenjima i naprednijim algoritmima. U nekim primjenama koriste se hibridni postupci koji uključuju i probabilističke metode, kao što su to skriveni Markovljevi lanci, no u većini rješenja problema na nizovima i sljedovima postoji kombinatorna podloga. U ovom projektu, originalni postupci temeljeni na kombinatornom pristupu, koji je prema potrebi nadopunjen probabilističkim, koristit će se, u području tehničkih znanosti, za konstrukciju kompaktnih struktura podataka i rješavanje dinamičkih problema na nizovima. U području znanosti o životu istraživat će se mogućnosti rješavanja algoritamskih zadaća u bioinformatici koje proizlaze iz različitih oblika problema mapiranja kraćih dijelova sekvenci na dulje. Također, u području populacijske genetike istraživat će se mogućnost pronalaženja učinkovitije definicije regija homozigotnosti kod diploidnih organizama, te uključivanja detaljnih podataka o sekvencama u pedigre stabla sa svrhom optimiziranja populacijskih analiza i poboljšanja uzgojnog procesa u komercijalnim vrstama. Uz to, algoritmi na stablima će biti korišteni za optimizaciju postupka izbora jedinki od kojih treba uzeti uzorke DNA za optimalnu analizu populacije.

Voditelji

Strahil Ristov
Institut "Ruđer Bošković"

Suradnici

prof. dr. sc. Ino Čurik
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet