Primjena NGS metoda u procjeni genomske varijabilnosti preživača
Acronym: ANAGRAMS
Competition title: IP 2018-01
Funding: Croatian science foundation
AFZ role: coordinator
Total value: HRK 996,500.00
Funded amount: HRK 996,500.00
Start date: 2018/01/12
End date: 2022/11/30
Abstract
Izuzetno brz razvoj metode slijedeće-generacije sekvenciranja (NGS) i računalnih kapaciteta otvorili su nove mogućnosti u različitim znanstvenim područjima (humanoj i veterinarskoj medicini, poljoprivredi, šumarstvu, ekologiji, računalnoj znanosti, pa čak i arheologiji). Uspješna primjena NGS-a i njegova upotreba u različitim discplinama snažno ovisi o stručnosti na nekoliko područja. Ovdje smo okupili stručnjake iz molekularne genetike, populacijske genomike, uzgoja životinja, računalnih znanosti i arheologije kako bismo odgovorili na nekoliko tema vezanih uz konzervacijsku genomiku (efektivnu veličinu populacije, inbreeding i štetno opterećenje genoma) i genomsku biološku raznolikost (izmješanost i poulacijska struktura) preživača. Također ćemo analizirati drevne kosti (>3000 godina) goveđih, kozjih i ovčjih jedinki kako bismo poboljšali naše razumijevanje genomskih promjena u postupku domestikacije (filogeneza mitogenoma). Naš projektni prijedlog ima snažnu komponentu teorijskih dostignuća za procjenu inbreedinga, efektivne veličine populacije i pojedinačnog umješavanja analiziranih računalnim simulacijama (sve oponašaju sekvence). Osim toga, NGS analiza (visoko propusni SNP beadchip i sekvence cijelkupnog genoma) izvoditi će se na nekoliko autohtonih pasmina (goveda, koza i ovaca) sa slijedećim ciljevima; (i) osigurati “genomsko pozicioniranje” hrvatskih pasmina među ostalim svjetskim pasminama, (ii) pružiti procjenu statusa konzervacije hrvatskih pasmina (razina inbreedinga, veličinu efektivne populacije, štetno opterećenje i genetsku raznolikost) i (iii) identificirati genomsku jedinstvenost (genomske regije) koje su specifične za hrvatske autohtone pasmine. Dobiveni rezultati pružit će temelj za buduće upravljanje očuvanjem pasmina. Primjena NGS-a ima snažan potencijalni ekonomski učinak na društvo u budućnosti. Zbog toga ćemo organizrati otvoreni tečaj “Genomika za zaštitu životinja”, napisat nekoliko popularizirajućih članaka i educirati doktorande.
Leaders
Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture
Associates
Assoc. Prof. Dragica Šalamon, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture
Asst. Prof. Bruna Tariba, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture
Dinko Novosel, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture
Assoc. Prof. Maja Ferenčaković, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture
PhD. H Ino Čurik
University of Zagreb Faculty of Agriculture
Asst. Prof. Vladimir Brajković, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture