Scientific Research Projects BITSE

Primjena NGS metoda u procjeni genomske varijabilnosti preživača

Acronym: ANAGRAMS

Competition title: IP 2018-01

Funding: Croatian science foundation

Total value: 996 500,00 HRK

Funded amount: 996 500,00 HRK

Start date: 12. 01. 2018.

End date: 30. 11. 2022.

Abstract

Izuzetno brz razvoj metode slijedeće-generacije sekvenciranja (NGS) i računalnih kapaciteta otvorili su nove mogućnosti u različitim znanstvenim područjima (humanoj i veterinarskoj medicini, poljoprivredi, šumarstvu, ekologiji, računalnoj znanosti, pa čak i arheologiji). Uspješna primjena NGS-a i njegova upotreba u različitim discplinama snažno ovisi o stručnosti na nekoliko područja. Ovdje smo okupili stručnjake iz molekularne genetike, populacijske genomike, uzgoja životinja, računalnih znanosti i arheologije kako bismo odgovorili na nekoliko tema vezanih uz konzervacijsku genomiku (efektivnu veličinu populacije, inbreeding i štetno opterećenje genoma) i genomsku biološku raznolikost (izmješanost i poulacijska struktura) preživača. Također ćemo analizirati drevne kosti (>3000 godina) goveđih, kozjih i ovčjih jedinki kako bismo poboljšali naše razumijevanje genomskih promjena u postupku domestikacije (filogeneza mitogenoma). Naš projektni prijedlog ima snažnu komponentu teorijskih dostignuća za procjenu inbreedinga, efektivne veličine populacije i pojedinačnog umješavanja analiziranih računalnim simulacijama (sve oponašaju sekvence). Osim toga, NGS analiza (visoko propusni SNP beadchip i sekvence cijelkupnog genoma) izvoditi će se na nekoliko autohtonih pasmina (goveda, koza i ovaca) sa slijedećim ciljevima; (i) osigurati “genomsko pozicioniranje” hrvatskih pasmina među ostalim svjetskim pasminama, (ii) pružiti procjenu statusa konzervacije hrvatskih pasmina (razina inbreedinga, veličinu efektivne populacije, štetno opterećenje i genetsku raznolikost) i (iii) identificirati genomsku jedinstvenost (genomske regije) koje su specifične za hrvatske autohtone pasmine. Dobiveni rezultati pružit će temelj za buduće upravljanje očuvanjem pasmina. Primjena NGS-a ima snažan potencijalni ekonomski učinak na društvo u budućnosti. Zbog toga ćemo organizrati otvoreni tečaj “Genomika za zaštitu životinja”, napisat nekoliko popularizirajućih članaka i educirati doktorande.

Leaders

Assoc. Prof. Vlatka Čubrić Čurik, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Associates

Assist. Prof. Dragica Šalamon, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Bruna Tariba, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Dinko Novosel, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Assist. Prof. Maja Ferenčaković, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Prof. Ino Čurik, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture

Vladimir Brajković, PhD
University of Zagreb Faculty of Agriculture