Kvantitativna genetika (169433)
Course coordinator
Course description
Svojstva koja određuju živa bića uglavnom su mjerljiva na kontinuiranoj skali, a njihovo nasljeđivanje određeno je djelovanjem velikog broja gena (kvantitativna svojstava). Primjer takvih svojstva su: proizvodnja mlijeka, visina, dijabetes, krvni tlak, itd.... Do nedavno, nasljeđivanje ovih svojstava zasnivalo se isključivo na statističkoj analizi poligenih komponenti varijabilnosti. Razvojem molekularnih metoda otkriven je veliki broj gena koji imaju znatan utjecaj na kvantitativna svojstva (QTL, geni kandidati). Ova činjenica zahtijeva primjenu složenijih modela, koji se zasnivaju na procijeni poligene, oligogene i monogene komponente istovremeno i/ili pojedinačno. Namjera ovog modula je upoznati studente sa teorijom nasljeđivanja kvantitativnih svojstava i to uzimajući u obzir poligenu i oligogenu komponentu nasljeđivanja te majčinski utjecaj i imprinting. Modul obuhvaća i teoriju selekcije kvantitativnog svojstva (osnovni pojmovi, kratkoročna selekcija, genetska varijabilnost i dugoročna selekcija. selekcija više svojstava.), a poseban je naglasak dat na procjenu genetskih parametara koristeći računala (SAS Institute, WOMBAT).
Type of course
- Diplomski studij / Genetika i oplemenjivanje životinja (Compulsory course, 3 semester, 2 year)
ECTS: 6.00
English language: L1
E-learning: L1 with L2 elements
Teaching hours: 60
Lectures: 40
Seminar: 8
Field exercises: 12
Lecturer
Associate teacher for exercises
Associate teacher for seminars
Grading
Sufficient (2): 61-70%
Good (3): 71-80%
Very good (4): 81-90%
Excellent (5): 91-100%
Conditions for obtaining signature
Prisutnost u nastavi više od 80%
General competencies
Sudjelovati u postupku procijene genetskih parametara u uzgojno-selekcijskim organizacijama i/ili udrugama uzgajivača.
Types of instruction
- Predavanja
Audiovizualna metoda - Auditorne vježbe
Izvode se u učionici uz pomoć računala. - Seminari
Samostalna obrada i izlaganje tema vezanih za najnovija saznanja u kvantitativnoj genetici
Learning outcomes
| Learning outcome | Evaluation methods |
|---|---|
| Objasniti koncept nasljeđivanja kvantitativnog svojstva uključujući pojmove vezane za procjenu genetskih parametara. | Seminar, usmeni ispit |
| Na manjim primjerima, pomoću kalkulatora i olovke, izračunati i/ili procijeniti genetske parametre. | Pismeni ispit |
| Procijeniti genetske parametre pomoću računala na temelju većih baza podataka. | Kolokvij na računalu |
Working methods
Teachers' obligations
Uredno održavanje svih oblika nastave. Određeno vrijeme za konzultacije izvan nastave.
Students' obligations
Prisustvo i aktivnost na svim oblicima nastave te izvršavanje zadanih zadataka.
Methods of grading
| Evaluation elements | Maximum points or Share in evaluation | Grade rating scale | Grade | Direct teaching hours | Total number of average student workload | ECTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| I parcijalni ispit | 12,5% |
0-60% 61-70% 71-80% 81-90% 91-100% |
Insufficient (1) Sufficient (2) Good (3) Very good (4) Excellent (5) |
10 | 30 | 1 |
| II parcijalni ispit | 12,5% |
0-60% 61-70% 71-80% 81-90% 91-100% |
Insufficient (1) Sufficient (2) Good (3) Very good (4) Excellent (5) |
10 | 30 | 1 |
| Pismeni ispit | 45% |
0-60% 61-70% 71-80% 81-90% 91-100% |
Insufficient (1) Sufficient (2) Good (3) Very good (4) Excellent (5) |
20 | 60 | 2 |
| Usmeni ispit | 30% |
0-60% 61-70% 71-80% 81-90% 91-100% |
Insufficient (1) Sufficient (2) Good (3) Very good (4) Excellent (5) |
20 | 60 | 2 |
| Ukupno | 100 | 60 | 180 | 6 |
| Evaluation elements | Description | Deadline | Recoupment |
|---|---|---|---|
| I parcijalni ispit | Ispit na računalu. Ispit se sastoji od problema kojeg student, koristeći znanje stečeno na modulu, rješava u zadanom vremenu. | Do kraja semestra | |
| II parcijalni ispit | Pismeni parcijalni ispit, studentima se postavljaju teoretska pitanja vezana za zadane seminarske radove. | Do kraja semestra | |
| Pismeni ispit | Pismeni ispit sastoji se od zadatka putem kojeg se na manjim primjerima, pomoću kalkulatora i olovke, provjerava zna li student izračunati i/ili procijeniti genetske parametre. | Prijavljuje se u ISVU sustavu - Redovni rok | |
| Usmeni ispit | Usmeni ispit održava se nakon pismenog ispita. Ispituje se teorija i primjena obrađenog gradiva modula. | Prijavljuje se u ISVU sustavu - Redovni rok |
Weekly class schedule
- Definicija kvantitativne genetike, osnovni pojmovi biometrike i matematike.
- Arhitektura kvantitativnog svojstva (modelima sa jednim i dva gena, raščlamba kvantitativnog svojstva, poligenetski model, oligogenetski model, mješoviti model, majčinski utjecaji, imprinting).
- Srodnost između jedinki (koeficijent inbridinga, rodbinstva i aditivnog srodstva, matrica aditivnog srodstva).
- Definicija i značenje heritabiliteta, ponovljivosti i genetskih korelacija u oplemenjivanju i evoluciji.
- Ne-aditivno djelovanje gena (teorija inbridinga i inbriding depresija, teorija heterozis utjecaja).
- Interakcija genotipa i okoliša (teorija i osnovni pojmovi, metode procjene).
- Kratkoročna i dugoročna selekcija (osnovni pojmovi, vrste selekcije, limit selekcije, inbriding i varijabilnost tijekom dugoročne selekcije).
- Zadaci koji se odnose na kratkoročnu i dugoročnu selekciju (računalo, papir i olovka).
- Selekcija više svojstava (osnovni pojmovi, metode selekcije). Zadaci koji se odnose na selekciju više svojstava (papir i olovka).
- Osnovne metode procjene heritabiliteta, ponovljivosti i genetskih korelacija (regresija, ANOVA).
- Osnove procjene uzgojnih vrijednosti (teorija i metode procijene).
- Selekcijski indeks - procjena uzgojnih vrijednosti iz više izvora informacija.
- Analiza utvrđivanja gena velikog utjecaja (testovi asocijacije - analiza kandidat gena).
- Analiza utvrđivanja gena velikog utjecaja (analiza QTL).
- Procjena genetskih parametra - računalne vježbe.
Preconditions
- Biometrika i planiranje istraživanja na životinjama (226252)
- Konzervacijska genetika (157195)
- Populacijska genetika (157196)
Obligatory literature
- Prezentacije predavanja "KvanGen"; autori: Ino Čurik i Maja Ferenčaković
- Wombat upute za korištenje http://didgeridoo.une.edu.au/km/WOMBAT/WWW/manual.html
- Izbor preglednih znanstvenih radova za seminare (do12 aktualnih radova iz područja).
Recommended literature
- Lynch, M., Walsh, B. (1998). Genetics and analysis of Quantitative traits . Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates, Inc. Publishers.
- Saxon, A . (2005). Genetic analysis of Complex traits using SAS. Cary: SAS Institute Inc. Publishing.
- Falconer D.S., Mackay, Trudy F.C. (1996). Introduction to Quantitative Genetics. Harlow: Longman Group Limited.
Similar course at related universities
- Sadržaj predmeta tematski se poklapa u više od 50% sa srodnim predmetima naziva "Quantitative genetics" na EU Sveučilištima.