Varijabilnost Y kromosoma i mtDNA (144444)
Course coordinator
Course description
Varijabilnost Y kromosoma i mtDNA je modul koji uvodi studente u detaljnije analize molekularnih biljega kao alata za analize populacijskih i fileogeografskih odnosa unutar domaćih životinja i njihovih divljih srodnika. Program modula Varijabilnost Y kromosoma i mtDNA omogućuje studentima stjecanje temeljnih teorijskih i praktičnih znanja iz varijabilnosti genoma neophodne za daljnji studij i praćenje nastave. Korištenjem audiovizualnih metoda predavanja provest će se studenti kroz poglavlja: 1. Osnove varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA i primjena u oplemenjivanju životinja neophodne za razvoj selekcije i oplemenjivanja. Studenti će dobiti uvid u teorijske osnove varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA. 2. Molekularne metode u analizama DNA, odnosno molekularnih biljega. Studenti će dobiti uvid u primjenu molekularnih metoda potrebnih za analizu i razumijevanje varijabilnosti genoma životinja te odabir molekularnih biljega (Y kromosoma i mtDNA) i primjena tih biljega u molekularno-genetskim analizama u svrhu oplemenjivanja i selekcije životinja. 3. Neolitizacija i prvi domestikacijski procesi domaćih životinja u prapovijesti u odnosu na današnje stanje. 4. Laboratorijske vježbe omogućuju studentima praktičan i samostalan rad u savladavanju osnovnih metoda varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA koje obuhvaćaju ekstrakcije DNA, lančanu reakciju polimerazom te određivanje slijeda nukleotida odabranog molekularnog biljega te njegovu primjenu u daljnjim analizama genoma životinja. Upotreba software-a MEGA, DNAsp, Network, Arlequin za opisivanje populacija. Polaganje ispita provodi se usmeno.
Type of course
- Diplomski studij / Genetika i oplemenjivanje životinja (Compulsory course, 1 semester, 1 year)
- Diplomski studij / Ribarstvo i lovstvo (Elective course, 3 semester, 2 year)
ECTS: 6.00
English language: L1
E-learning: L1 with L2 elements
Teaching hours: 60
Lectures: 42
Laboratory exercises: 14
Seminar: 4
Lecturer
Associate teacher for exercises
Grading
Sufficient (2): 61-70%
Good (3): 71-80%
Very good (4): 81-91%
Excellent (5): 92-100%
Conditions for obtaining signature
redovito pohađanje nastave >80%
General competencies
Sadržaj modula osposobljava studente kritički i kreativno razmišljati koji su prioriteti ui modernom uzgoju životinja te praćenju populacija njihovih divljih srodnika. Teorijska i praktična znanja u analizama Y kromosoma i mtDNA su temelj razumijevanja uzgoja i oplemenjivanja životinja.
Types of instruction
- Predavanja
Audiovizualna metoda. - Laboratorijske vježbe
Izvode se u laboratoriju i baziraju se na ekstrakcijama DNA i laboratorijskim analizama molekularnih biljega odnosno određivanju slijeda nukleotida (u skupinama od 5 studenata) te obradom dobivenih sljedova mtDNA i Y kromosoma u programima MEGA, DNAsp, Network. - Seminari
Obuhvaćaju saznanja o molekularnim biljezima Y kromosoma i mtDNA i njihovoj primjeni u analizama genoma životinja. Studenti samostalno izrađuju i prezentiraju svatko svoj seminar vezan uz odabir vrste životinja i domestikacijske procese vezane za tu vrstu.
Learning outcomes
| Learning outcome | Evaluation methods |
|---|---|
| objasniti primjenu znanja varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA, analize genoma, odnosno molekularnih biljega za uspješno oplemenjivanje životinja, odnosno praćenje populacija divljih srodnika, | usmeno |
| objasniti neophodnu povezanost genetskih analiza sa suvremenim uzgojem životinja te praćenjem populacija divljih srodnika domaćih životinja, | usmeno |
| znati važnost primjene varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA, odnosno molekularnih biljega u uzgoju i selekciji životinja, | usmeno |
| isplanirati redoslijed laboratorijskih aktivnosti i važnost u opisivanju populacija domaćih životinja i njihovih divljih srodnika, | usmeno |
| pripremiti osnovne laboratorijske vježbe u analizi molekularnih biljega, | usmeno |
| pripremiti izvještaj provođenja laboratorijskih vježbi, | usmeno |
| prezentirati rezultate aktivnosti na predavanjima i laboratorijskim vježbama, | usmeno |
| opisati dobivene rezultate te njihovu važnost u daljnjoj upotrebi suvremenog uzgoja životinja odnosno praćenju populacija divljih srodnika. | usmeno |
Working methods
Teachers' obligations
redovito održavanje nastave
Students' obligations
redovito pohađanje nastve i polaganje ispita
Methods of grading
| Evaluation elements | Maximum points or Share in evaluation | Grade rating scale | Grade | Direct teaching hours | Total number of average student workload | ECTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| svladavanje gradiva | 100% |
0-60% 61-70% 71-80% 81-91% 92-100% |
Insufficient (1) Sufficient (2) Good (3) Very good (4) Excellent (5) |
60 | 180 | 6 |
| Evaluation elements | Description | Deadline | Recoupment |
|---|---|---|---|
| svladavanje gradiva | svladavanje gradiva usmeno | redoviti |
Weekly class schedule
- Uvod u varijabilnost Y kromosoma i mtDNA P
- Osnove varijabilnosti Y kromosoma i mtDNA P
- Haplogrupe i haplotipovi P
- Analiza populacija životinja putem Y kromosoma i mtDNA P
- Metode Sangerovog sekvenciranja i ,analiza genetskih varijacija P, S
- Metode sekvenciranja, 2. i 3. generacije i analiza genetskih varijacija P, S
- Domestikacijski procesi/međuispiit (usmeni 1) P
- Domestikacijski procesi – govedo, koza, ovca P
- Domestikacijski procesi – svinja, konj, pas P
- Obrada molekularnih biljega Y kromosoma L
- Obrada molekularnih biljega –mtDNA L
- Domestikacija različitih vrsta domaćih životinja u prapovijesti S
- Prikupljanje materijala za analize L
- Obrada podataka pomoću MEGA programa-poravnavanje slijedova L
- Obrada podataka pomoću DNAsp i Network programa L/međuispit (usmeni2)
Obligatory literature
- Prezentacije predavanja (200 slide-ova), autor Vlatka Čubrić Čurik
- Ambriović Ristov Andrea , …et al. (2007). Metode u molekularnoj biologiji . Zagreb: Institut Ruđer Bošković.
Recommended literature
- Griffiths, A. F., …et al. (2005). Introduction to genetic analysis. New York: Freeman and Company.
- Sammbrook, J., Russel, D.W. (2001). Molecular Cloning: a laboratory manual. New York: Cold Spring Harbour Laboratory Press.
Similar course at related universities
- Sadržaj predmeta tematski se poklapa s više od 80% srodnih predmeta na EU Sveučilištima, kao i Sveučilištima Izraela, Kanade, Australije, Novog Zelanda i SAD-a.