Studijski programi prema kojima se trenutno izvodi nastava na Agronomskom fakultetu provode se od 2005./2006. godine. Usklađeni su s Bolonjskom deklaracijom kojom se Republika Hrvatska opredijelila za uključivanje u jedinstveni europski visokoobrazovni prostor (EHEA). Cilj studijskih programa je primjenom najviših akademskih standarda omogućiti studentima vrhunsku izobrazbu te stjecanje najnovijih znanstvenih i stručnih znanja i vještina iz područja agronomije i srodnih znanosti. Studiji po bolonjskom procesu zamišljeni su s puno fleksibilnijom strukturom, čime se studentima htjelo omogućiti kreiranje vlastitog obrazovnog profila u skladu s osobnim preferencijama, odnosno željenim zanimanjem ili planiranim nastavkom obrazovanja. Dio predmeta obavezan je za studente nekog studija, a uz obvezne predmete na svakom je studiju utvrđen i popis izbornih predmeta s kojeg studenti upisuju samo dio. Studenti mogu upisati i predmete na nekom drugom studiju Agronomskog fakulteta ili na drugim srodnim fakultetima unutar Sveučilišta u Zagrebu, ali i na drugim sveučilištima u zemlji i inozemstvu.
Programom studija predviđena je izrada stručnog projekta koji omogućava studentima stjecanje znanja problemskim učenjem (problem based learning). Pod vodstvom mentora studenti rade u timu na zajedničkom projektu (organizacija neke proizvodnje, analiza stanja i donošenje poslovne odluke i sl.), pri čemu se od njih očekuje da se dogovore o podjeli posla, provedu istraživanje i analiziraju rezultate, kao i da napišu i usmeno prezentiraju projekt. Stručna praksa obvezna je za sve studijske programe u trajanju od 120 sati.
Prijediplomski studiji traju 6 semestra s ukupnim nastavnim opterećenjem studenta od 180 ECTS bodova. Studij završava obranom završnog rada. Završni rad zamišljen je kao pisani stručni rad u kojem student mora pokazati poznavanje osnova struke, snalaženje u prikupljanju informacija i sustavno planiranje i rješavanje tehnoloških operacija. Nakon završetka trogodišnjeg prijediplomskog studija pristupnik stječe stručni naziv: sveučilišni prvostupnik/sveučilišna prvostupnica.