Poslijediplomski studij
Na Agronomskom fakultetu moguće je upisati poslijediplomski doktorski studij: Poljoprivredne znanosti i četiri specijalistička poslijediplomska studija: Fitomedicina, Ribarstvo, Stočarstvo i Poslovno upravljanje u agrobiznisu - MBA.
Poslijediplomski doktorski studij Poljoprivredne znanosti ukupnog je opterećenja 180 ECTS bodova. Na studij se mogu upisati pristupnici koji su završili sveučilišni diplomski ili dodiplomski studij u Republici Hrvatskoj ili inozemstvu, uz uvijet da im je prosjek ocjena najmanje 3,50 (vrlo dobar). Iznimno, na doktorski se studij mogu upisati osobe s manjim prosjekom ocjena, uz posebnu odluku Nastavničkog vijeća poslijediplomskog doktorskog studija, na temelju obrazloženih pisanih preporuka triju sveučilišnih nastavnika. Prilikom upisa pristupnik mora imati odabranog mentora (čiju je pisanu suglasnost obavezan priložiti), a koji mu pomaže pri izboru predmeta studija u skladu s planiranom temom disertacije. Agronomski fakultet potiče izobrazbu doktoranada na inozemnim znanstvenim institucijama tijekom koje mogu upisivati i polagati module te izrađivati dijelove disertacije i cijelu disertaciju. Doktorand istraživanja provodi samostalno, ali uz pomoć i nadzor mentora. Studij završava javnom obranom disertacije pred stručnim povjerenstvom.
Poslijediplomski specijalistički studiji Ribarstvo, Stočarstvo i Fitomedicina traju jednu akademsku godinu (2 semestra, odnosno 60 ECTS-a). Nakon završetka studija stječe se akademski naziv sveučilišni specijalist (univ. spec.) ribarstva, fitomedicine, odnosno stočarstva. Studij Poslovno upravljanje u agrobiznisu-MBA (Executive MBA program in Agribusiness and Commerce) razvijen je u okviru TEMPUS projekta AHEAD u kojem su sudjelovali University of Debrecen (Mađarska), University of Hohenheim (Njemačka), Scottish Agricultural College (Ujedinjeno Kraljevstvo) i Wageningen University (Nizozemska). Nastava na MBA studiju djelomično se izvodi na engleskom jeziku, a uz nastavnike Agronomskog fakulteta sudjeluju i nastavnici s navedenih institucija. Studij traje dvije godine i ukupnog je opterećenja 120 ECTS bodova. Studijski program akreditiran je od AGRIMBA mreže (International Network for the MBA Agribusiness and Commerce) pa studenti uz diplomu Sveučilišta u Zagrebu Agronomskog fakulteta o stjecanju akademskog naziva sveučilišni specijalist (univ. spec.) MBA Agr. dobivaju i certifikat AGRIMBA mreže.