Na čelu Agronomskog fakulteta nalazi se dekan kojeg bira Fakultetsko vijeće. Dekanu u radu pomažu prodekani. Prodekani su: prodekanica za nastavu i studente, prodekanica za znanost i međunarodnu suradnju, prodekan za poslovanje i digitalizaciju, prodekan za studijske programe i upravljanje kvalitetom i prodekan za inovacije i suradnju s gospodarstvom. Zavodi su temeljne organizacijske jedinice Fakulteta. Fakultet u svojem sastavu ima 28 zavoda, podijeljenjih u 7 odsjeka. U sastavu pojedninih zavoda su pokušališta te istraživački, ovlašteni, referentni i akreditirani laboratoriji. Osim Zavoda, Fakultet u svom sastavu ima i druge nastavne i nenastavne ustrojbene jedinice: tajništvo, katedre, knjižnicu, odjeljke, radionice i druge organizacijske jedinice u skladu s vrstom posla za obavljanje djelatnosti Fakulteta u cjelini.
