Obrana teme doktorskog rada :: Ante Turudić, dipl.ing.mat.
Utjecaj neusklađenosti podataka sekvenci cjelokupnog kloroplastnog genoma na rezultate filogenetskih analiza
18.06.2021. :: 10:00 sati :: online
Javna obrana održat će se putem online aplikacije Zoom (https://zoom.us/), a bit će dostupna 18.06.2021. :: 10:00 sati :: na poveznici https://us02web.zoom.us/j/89833677693?pwd=S1RCU1cybWNOV2x2TXFKZUorb2toUT09
Predloženi mentori:
- prof.dr.sc. Zlatko Šatović, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet
- prof.dr.sc. Zlatko Liber, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet
Povjerenstvo za ocjenu teme doktorskog rada:
- prof.dr.sc. Jerko Gunjača, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet
- prof.dr.sc. Jernej Jakše, Sveučilište u Ljubljani, Biotehnološki fakultet, Slovenija
- prof.dr.sc. Martina Grdiša, Sveučilište u Zagrebu, Agronomski fakultet
Sažetak
Razvitkom tehnologija sekvenciranja sljedeće generacije kao i bioinformatičkih alata, proces sastavljanja DNA sekvenci je postao jeftiniji i jednostavniji, osobito u slučaju znatno kraćih DNA genoma organela. Broj dostupnih DNA sekvenci cjelokupnih kloroplastnih genoma u javnim bazama genetskih podataka u stalnom je porastu i često se koriste u filogenetskim i biotehnološkim istraživanjima. U okviru ovog doktorskog rada analizirat će se moguće neusklađenosti i manjak kvalitete javno dostupnih podataka sekvenci kloroplastnih genoma. Istražit će se utjecaj navedenih neusklađenosti i pogrešaka na rezultate filogenetskih analiza i implementirati bioinformatička rješenja za njihovu identifikaciju i ispravak. Cjelokupan postupak će biti prikazan na primjeru porodica Asteraceae i Lamiaceae kojima pripadaju dalmatinski buhač i kadulje čiji će se kloroplasni genomi sekvencirati i sklopiti de novo.