Odgovor na inovacije u fenomici i genomici u oplemenjivanju mliječnih goveda

Akronim: PhenoGeno

Naziv natječaja: HRZZ Istraživački projekti

Izvor financiranja: Hrvatska zaklada za znanost

Uloga AFZ: koordinator

Ukupna vrijednost: 197.989,25 EUR

Financirani iznos: 197.989,25 EUR

Broj ugovora: IP-2022-10-6914

Početak provedbe: 29.12.2023.

Završetak provedbe: 28.12.2027.

Web stranica projekta: https://angen.agr.hr/hr/group/118/O+projektu

Primjena novih pristupa fenotipizaciji, napredna genotipizacija (genotipizacija visoke propusnosti na razini cijelog genoma, SNP nizovi) te genomski i statistički razvoj (genomska selekcija i one-step GBLUP) doveli su do ubrzanog genetičkog napretka u svim zemljama u razvoju mljekarstva. To vrijedi i za druga područja uzgoja životinja. Nažalost, Hrvatska je tek umjereno odgovorila na nova zbivanja, a naši uzgojni programi trenutačno uključuju samo relativno mali broj genotipiziranih krava i bikova na razini genoma. Istodobno, broj genotipiziranih životinja u razvijenim zemljama prelazi 100 000 životinja (> 300 000 goveda SNP-a u Austriji). Stoga smo odlučili predložiti moderan projekt u kojem ćemo razviti uzoran inovativni uzgojni program (s GWAS-om i procjenom genomskih parametara hrvatske holstein pasmine) koristeći najnovija tehnološka dostignuća u fenomici i genomici. U našem prijedlogu odlučili smo otići korak dalje od SNP nizova koji se danas rutinski koriste i temeljiti našu strategiju genotipizacije na najnovijoj mogućnosti (niskopropusno sekvenciranje cijelog genoma, lpWGS), jer bi to mogla biti najbolja strategija u našim relativno malim populacijama . Istodobno, naša napredna strategija fenotipizacije bila je usmjerena na uvođenje velikih mjerenja svojstava zgrušavanja mlijeka izvedenih iz FTIR spektra, budući da bi razvoj proizvodnje sira, kao u sjevernoj Italiji, mogao biti dobra strategija za hrvatski mljekarski sektor. Dok naš projekt ima vrlo snažnu primjenjivu komponentu, također smo ponudili niz analiza testirajući učinke zanemarenog nasljeđivanja, točnije učinke kromosoma i mito-nuklearnih interakcija na kvantitativne osobine (uključujući štetne aspekte), koje su prilično nove i revolucionarne hipoteze za uzgoj životinja, ali i za evolucijsku genetiku. Jedan mali aspekt projekta je ''igranje'' (eksperimentiranje) s detekcijom mikrobiote mlijeka iz lpWGS datoteka (FASTAq).

Prof. dr. sc. dr. h. c. Ino Čurik
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

Zvonimir Mijadžiković, mag. ing. agr.
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

dr. sc. Mario Shihabi
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

izv. prof. dr. sc. Nataša Mikulec
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

prof. dr. sc. Neven Antunac
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

dr. sc. Ivana Držaić
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

prof. dr. sc. Vlatka Čubrić Čurik
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

doc. dr. sc. Vladimir Brajković
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet

izv. prof. dr. sc. Maja Ferenčaković
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet