Primijenjena analiza prostornih podataka u R-u (169285)
Nositelji predmeta
Opis predmeta
Napredak tehnologije, niska cijena i dostupnost GPS uređaja doveli su do povećanja prisutnosti skupova georeferenciranih podataka i interesa znanstvenika za njihovom analizom. Cilj takvih analiza je opisivanje prostornog rasporeda različitih pojava (resursi, zagađenje, bioraznolikost i sl.) i modeliranje uzroka takvog rasporeda.
Prilagođavanje i povezivanje velikog broja statističkih metoda za analizu i prikaz prostornih podataka, i njihova dostupnost kroz različite vrste računalnih programa može djelovati obeshrabljujuće za nove korisnike. Glavni cilj modula je sistematizirati metode za statističku analizu i prikaz prostornih podataka i približiti ih studentima kroz konkretne primjere primjene različitih metoda i samostalne radove koji će studentima omogućiti samostalnu analizu, vizualizaciju i interpretaciju prostornih podataka. Cilj nam je i upoznati studente sa mogućnošću korištenja i doprinosa izvorima otvorenih podataka (istraživački, prostorni, podaci o okolišu i ekosustavu, statistički podaci, otvoreni podaci sektora prirode, agronomije i dr.).
Sustav R (slobodnog koda) odabran je kao pogodan sustav za demonstraciju metoda za analizu prostornih podataka jer osigurava alate za unos, manipulaciju, analizu i prikaz prostornih podataka unutar istog okruženja. Zbog široke baze korisnika R osigurava i kvalitetna i brza proširenja funkcionalnosti (putem paketa) novim funkcijama i široku bazu dostupne literature na različitim jezicima (dominantno na engleskom).
Vrsta predmeta
- Diplomski studij / Biljne znanosti (Izborni predmet, 4. semestar, 2. godina)
- Diplomski studij / Genetika i oplemenjivanje životinja (Izborni predmet, 2. semestar, 1. godina)
- Diplomski studij / Hortikultura / Voćarstvo (Izborni predmet, 4. semestar, 2. godina)
- Diplomski studij / Hortikultura / Vinogradarstvo i vinarstvo (Izborni predmet, 4. semestar, 2. godina)
- Diplomski studij / Hortikultura / Ukrasno bilje (Izborni predmet, 4. semestar, 2. godina)
- Diplomski studij / Hortikultura / Povrćarstvo (Izborni predmet, 4. semestar, 2. godina)
ECTS: 6.00
Engleski jezik: R1
E-učenje: R2
Sati nastave: 60
Predavanja: 30
Vježbe u praktikumu: 26
Seminar: 4
Izvođač predavanja
Izvođač vježbi
Izvođač seminara
Ocjenjivanje
Dovoljan (2): 60%-70%
Dobar (3): 71%-80%
Vrlo dobar (4): 81%-90%
Izvrstan (5): 91%-100%
Uvjeti za dobivanje potpisa
Redovno pohađanje nastave (prema članku 12. Pravilnika o studiranju). Izostali praktikum treba nadoknaditi predajom domaće zadaće iz te nastavne jedinice.
Opće kompetencije
Osnovno znanje sustava R i sistematizacije i analize podataka iz bilo kojeg izvora (iz modula Biometrika, Uvod u SAS i R na Agronomskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu, iz tečajeva na SRCE ili samostalno: Coursera, Datacamp ( datacamp.com ) ili drugih)
Oblici nastave
- Predavanja
- Provjere znanja
seminar, pismeni i usmeni ispit - Ostali oblici skupnog ili samostalnog učenja
- Seminari
- Vježbe
Ishodi učenja i način provjere
| Ishod učenja | Način provjere |
|---|---|
| Odabrati, organizirati i vrednovati prostorne podatke u sustavu R | seminarski rad, pismeni, usmeni ispit |
| Analizirati vlastite prostorne podatke i nacrtati grafički prikaz rezultat analize u grafičkim uređajima sustava R (ekranski uređaj, .pdf, .eps, .png grafički uređaji) | seminarski rad, pismeni, usmeni ispit |
| Uz svoj set podataka u R-u povezati odgovarajuće podatke s prostornom komponentom iz slobodno dostupnih on-line repozitorija otvorenih (javnih) podataka | seminarski rad, pismeni, usmeni ispit |
| Odabrati, primijeniti i interpretirati potrebnu analizu za vlastite podatke s prostornim aspektom pomoću programskih paketa sustava R | seminarski rad, pismeni, usmeni ispit |
| Procijeniti, vrednovati i analizirati sadržaj stručne i znanstvene literature iz područja prostorne analize | seminarski rad, pismeni, usmeni ispit |
Način rada
Obveze studenta
Pohađati predavanja, izvršiti sve samostalne vježbe, rješavati zadaće zadane početkom semestra, pročitati odabrane znanstvene radove i izložiti ih, te kritički sudjelovati u grupnoj raspravi.
Polaganje ispita
| Elementi praćenja | Maksimalno bodova ili udio u ocjeni | Bodovna skala ocjena | Ocjena | Broj sati izravne nastave | Ukupni broj sati rada prosječnog studenta | ECTS bodovi |
|---|---|---|---|---|---|---|
| pismeni ispit | 60% |
0-60 61-70 71-80 81-90 91-100 |
Nedovoljan (1) Dovoljan (2) Dobar (3) Vrlo dobar (4) Izvrstan (5) |
36 | 108 | 3.6 |
| seminar | 20% |
0-60 61-70 71-80 81-90 91-100 |
Nedovoljan (1) Dovoljan (2) Dobar (3) Vrlo dobar (4) Izvrstan (5) |
12 | 36 | 1.2 |
| usmeni ispit | 20% |
0-60 61-70 71-80 81-90 91-100 |
Nedovoljan (1) Dovoljan (2) Dobar (3) Vrlo dobar (4) Izvrstan (5) |
12 | 36 | 1.2 |
| Ukupno | 100% | 60 | 180 | 6 |
Tjedni plan nastave
- Struktura prostornih podataka i sustavi za njihovu vizualizaciju i analizu, P Sakupljanje prostornih podataka i upoznavanje s tehničkim rješenjima, V
- Prostorni podaci u sustavu R, P Osnove rada s prostornim podacima u sustavu R, V
- Primjena odgovarajućih koordinatnih sustava i projekcija u radu s R-objektima, otvorene baze podataka za pomoć pri projekcijama - P Prijenos i osnovna manipulacija s vlastitim skupljenim prostornim podacima - V
- Vizualizacija prostornih podataka u sustavu R, otvoreni prostorni podaci - P Primjena dostupnih prostornih informacija na vlastite i simulirane podatke - V
- Drugi sustavi za rad s prostornim podacima, otvorene baze i portali P, V
- Topologija, otvoreni prostorni podaci P, V
- Uvod u prostorne analize, metode prostorne analize ovisno o tipu podataka P, V
- Mjere opće povezanosti podataka, autokorelacija s atributima nominalne skale P,V
- Točkasti procesi P,V
- Izlaganje studentskih seminara i zadaće 1
- Interpolacije, P, V
- Primjena variogramskih analiza P, V
- Prostorni regresijski modeli, P, V
- Izlaganje studentskih seminara i zadaće 2
- Klasteriranje s prostornim podacima
Obvezna literatura
- Malvić T. (2013). Rječnik osnovnih geostatističkih pojmova. Bivand RS., Pebesma EJ., Gómez-RubioV. (2013). Applied Spatial Data Analysis with R (Use R). Springer. Odabrani znanstveni radovi Safner T., Miller MP., McRae BH., Fortin MJ., Manel S. (2011) Comparison of Bayesian clustering and edge detection methods for inferring boundaries in landscape genetics. International Journal of Molecular Sciences 12 (2), 865-889. Safner T., Miaud C., Gaggiotti O., Decout S., Rioux D., Zundel S., Manel S. (2011) Combining demography and genetic analysis to assess the population structure of an amphibian in a human-dominated landscape. Conservation genetics 12 (1), 161-173 Šprem N., Frantz AC., Cubric Curik V., Curik I. (2013) Influence of habitat fragmentation on population structure of red deer in Croatia; Mammalian Biology - Zeitschrift für Säugetierkunde.
- Radović A. (2015). Programski jezik R u vizualizaciji i analizi prostornih podataka (S730). Priručnik za polaznike. Srce.
Preporučena literatura
- Spatial statistics; Bryan Ripley (http://www.people.fas.harvard.edu/~zhukov/spatial.html )
- Otvoreni podaci: Što su i kako mi mogu koristiti, besplatni MOOC tečaj dostupan na: http://science.geof.unizg.hr/todo-platform/